Der VSAO vertritt (seit 1945) mit einer eigenständigen, unabhängigen und neutralen Politik die Interessen aller angestellten Ärztinnen und Ärzte in der Schweiz (rund 90 % aller angestellten Ärztinnen und Ärzte in der Schweiz sind Mitglieder des VSAO) und versteht sich als legitimer Vertreter gegenüber Behörden, Arbeitgebern sowie ärztlichen und nichtärztlichen Organisationen. Er kümmert sich um die Rechte der Mitglieder (etwa unter dem Arbeitsgesetz) und deren Einhaltung. Auch setzt er sich für die konsequente Gleichbehandlung beider Geschlechter ein. Als Basisorganisation der FMH vertritt er die Anliegen seiner Mitglieder innerhalb der gesamten Ärzteschaft (wer der FMH beitritt, wird automatisch Mitglied des VSAO).

Als Berufsorganisation bezweckt der VSAO die Wahrung der beruflichen, standespolitischen und wirtschaftlichen Interessen seiner Mitglieder. Der VSAO tritt für ein qualitativ hoch stehendes, fortschrittliches und finanzierbares Gesundheitssystem ein.

Als juristisch selbständige Einheit ist der VSAO der Verbindung der Schweizer Ärztinnen und Ärzte FMH angeschlossen. Ihr gegenüber vertritt er die Anliegen seiner Mitglieder durch den Einsitz von zwei Vertretern im Zentralvorstand der FMH. Der VSAO delegiert auch Vertreter in die Ärztekammer, in die Delegiertenversammlung, in die Kommission für Weiter- und Fortbildung der FMH und in die Weiterbildungskonferenz WBK. Der VSAO gehört zudem der Organisation der europäischen Assistenz- und Oberärzte an, der Permanent Working Group of European Junior Doctors (PWG).

Der VSAO umfasst 16 Sektionen. Eine davon ist der VSAO Basel, der die Kantone Basel-Stadt und Basel-Land umfasst. Die leitenden Gremien des VSAO sind der Zentralvorstand (bestehend aus den Vertretern der Sektionen), der Geschäftsausschuss und die Präsidentenkonferenz. 

Neben dem Berufsverband schliesst die Bezeichnung VSAO noch drei weitere juristisch unabhängige Organisationen ein. Es sind dies

• der Verein MEDISERVICE VSAO-ASMAC, der das Verbandsjournal herausgibt und unterschiedliche Dienstleistungen wie Versicherungsberatung, Kollektivkrankenversicherungsverträge oder Taggeldversicherungen anbietet,
• die VORSORGESTIFTUNG VSAO, welche die berufliche Vorsorge für angestellte Assistenz- und Oberärztinnen und -ärzte sicherstellt sowie
• die VSAO-STIFTUNG FÜR SELBSTÄNDIGERWERBENDE, welche die berufliche Vorsorge für selbständigerwerbende Ärztinnen und Ärzte gewährleistet.